In Nederland wordt de bodem intensief gebruikt voor stedelijke functies, industrie en landbouw. Het landbouwareaal in Nederland is groot (ruim 65% van Nederland wordt gebruikt voor landbouw). Landbouwkundige ingrepen kunnen grote effecten hebben op het bodemecosysteem. Door vergraving of geregeld ploegen, verandert de samenstelling van de bodemfauna ingrijpend. Sommige soorten worden bevoordeeld, ondervinden weinig hinder of herstellen zich snel, maar voor andere soorten geldt dat niet. Door ploegen en vergraven komen regenwormen aan het oppervlak te liggen, die (tijdelijk) bloot worden gesteld aan verhoogde predatie waardoor het bodemecosysteem verstoord wordt.

Verdichting

Verdichting van de bodem is een belangrijke vorm van stress voor het bodemecosysteem. In de landbouw wordt de bodem verdicht ten gevolge van het rijden met zware (landbouw)machines. De bewortelbaarheid van het bodemprofiel verslechtert hierdoor en er treedt waterstagnatie op in natte perioden. Bovendien wordt het leefmilieu voor bodemdieren beïnvloed. Regenwormen en mollen kunnen nog maar moeilijk gangen in de bodem graven. Het leefmilieu wordt ook minder geschikt voor springstaarten en andere dieren op de bodem, omdat geen luchtige humeuze laag meer aanwezig is. Bovendien verandert de vegetatie. Deze wordt eenzijdiger en minder productief, zodat er voor bodemdieren minder te eten is.

Bemesten

Bemesten heeft ook grote gevolgen. Bacteriën worden sterk bevoordeeld ten koste van de schimmels, vooral als verse drijfmest of vers groenafval in de bodem wordt gebracht (mestinjectie). Van cyaniden in verse drijfmest wordt vermoedt dat ze een negatieve invloed hebben op de bodemfauna en de bacteriepopulaties doet wijzigen in een ongunstige richting. Dit is niet het geval als drijfmest op het land wordt uitgereden, of bij het opbrengen van gerijpte compost. Dit heeft juist een positief effect op regenwormen. Bij het injecteren van verse varkensmest worden ook grote hoeveelheden goed biologisch beschikbaar koper in de grond gebracht, met een sterk vergiftigende werking op regenwormen en nog sterker op potwormen.

Pesticiden

Het gebruik van pesticiden leidt niet alleen tot het uitroeien van het beoogde plaagdier boven de grond, maar heeft ook effecten op de rest van het (bodem)ecosysteem. Voor springstaarten, bodemmijten en bodemspinnen zijn toegepaste insecticiden veelal dodelijk. Fungiciden tasten de schimmelpopulaties in de ondiepe bodemlagen aan. In de bodem geïnjecteerde nematiciden (bestrijdingsmiddelen tegen nematoden of aaltjes), zoals methylbromide (inmiddels verboden) en dichloorpropeen leiden onbedoeld tot negatieve effecten op de gehele bodemfauna (met uitzondering van schimmels en bacteriën). De genoemde effecten treden in mindere mate ook op bij het tijdelijk onder water zetten van grond, een alternatieve meer milieuvriendelijke methode om aaltjes te bestrijden.