Er zijn verschillende mogelijkheden voor praktische toepassing van het concept ecosysteemdiensten ten behoeve van duurzaam gebruik van het natuurlijke systeem en dus ook van de ondergrond: 

• Bewustwording creëren van het belang van duurzaam gebruik van het natuurlijke systeem (Duijn et al., 2009). Aan de hand van ecosysteemdiensten kan worden uitgelegd op welke wijze functies en eigenschappen van het ecosysteem bijdragen aan maatschappelijke behoeftes zoals veiligheid, voedsel, grondstoffen en energie. De ecosysteembenadering kan ook inzicht verschaffen in de belanghebbenden die betrokken zouden moeten worden om tot een duurzaam gebruik van het natuurlijke systeem te komen (TCB, 2003). Om het belang van het natuurlijke systeem voor de samenleving te verduidelijken, kan de waarde van ecosysteemdiensten bepaald worden.  
• Formulering van concrete bodemambities: analyse van ecosysteemdiensten (de toestand en veranderingen daarin) die gerelateerd zijn aan de bodem, kan helpen om bodemambities te formuleren. De TCB ziet ecosysteemdiensten als een belangrijk overkoepelend concept voor de ontwikkeling van beoordelingskaders voor bodemkwaliteit (TCB, 2008), zonder dat dit noodzakelijkerwijs zal leiden tot nieuwe normen.
• Verbindende taal: communicatie tussen belanghebbenden wordt belemmerd door verschillen in perceptie en jargon. Ecosysteemdiensten bieden in potentie een gemeenschappelijke taal die communicatie over duurzaam beheer van het natuurlijke systeem en verdeling van kosten en baten ten aanzien van beheer ondersteunt.
• Blik verbreden: in literatuur over toepassing van het ecosysteemdienstenconcept wordt vaak vermeld dat een analyse van effecten van een ingreep of van verschillende varianten van gebiedsinrichting op ecosysteemdiensten er toe leidt dat onbedoelde effecten niet over het hoofd worden gezien. Wanneer bij een voorgenomen ingreep of een beheerplan gekeken wordt naar de impact van het project/beheer op ecosysteemdiensten en de afhankelijkheid van het project van ecosysteemdiensten, kunnen er maatregelen ontworpen worden waarmee kansen voor benutting van ecosysteemdiensten zoveel mogelijk worden benut en schade wordt voorkomen (Ranganathan, 2008). Door de effecten op verschillende schalen (in tijd, ruimte en bestuurlijke eenheden) te verkennen is afwenteling naar later of naar elders in beeld.  
• Denkraam dat aanvulling of input levert voor maatschappelijke kosten-baten analyse (MKBA), milieu-effectrapportage (MER) en duurzaamheidsconcepten als Cradle2Cradle en People Planet Profit (Slootweg en Van Beukering, 2008; Van Delft et al., 2007).
• Betalen voor ecosysteemdiensten: Betaling voor ecosysteemdiensten (wat in Nederland bijvoorbeeld gebeurt in het kader van groen-blauwe diensten) kan leiden tot een betere verdeling van lasten en baten in het kader van duurzaam beheer van het natuurlijke systeem. Door gebruikers te laten betalen voor het gebruik van natuurlijke hulpbronnen die nu gratis zijn kan ook efficiënter gebruik bevorderd worden (MA, 2005; TEEB 2008, 2010).  

De hierboven genoemde kansen die toepassing van het concept ecosysteemdiensten biedt, zijn tot nu toe in beperkte mate in de praktijk getoetst (Brils en Van der Meulen, 2010). Komende jaren zullen steeds meer ervaringen beschikbaar komen.

Zie verder kwantificeren van ecosysteemdiensten